한국농어촌공사의 간월호 수질개선 사업이 한계점에 달했다는 지적이다. 농식품부는 담수호의 목표 수질을 4등급(COD 8ppm 이하)으로 정하고 있지만 부석면 창리 간월호 등 11개 담수호 중 8개가 5~6등급에 불과해 담수호 주변 주민들이 악취와 해충들로 고통을 받고 있다.
이처럼 간월호의 수질개선사업은 장기간에 걸쳐 막대한 자금이 투입 되는 사업임에도 불구하고 정부예산을 투입하지 않는 민간사업 방식으로 결정하면서 현재 농업용수로 사용할 수 있는 급수 유지에도 어려움을 겪고 있는 실정이다. 
이 과정에서 한국농어촌공사는 간월호의 평균 SS가 25~35ppm을 유지하고 있다는 사실을 알고도 민간사업 제안자인 (주)한양이 준설 과정에서 발생하는 오니와 모래를 분리 침전후 5ppm으로 방류하겠다는 제안서에 대해 최고 배점을 하며 시공사로 선정하기도 했다.
실제 시공과정에서 (주)한양은 이를 지킬 수 없는 무리한 제안이었다는 점을 알게 됐고 결국 최근에는 방류 기준을 당초 제안안인 5ppm에서 15ppm으로 변경하기 위해 승인청인 충남도에 관련 서류를 접수한 것으로 알려졌다.
결국 (주)한양의 방류수 수질 제안 기준인 5ppm이 가능 할 것인가에 대해 한국농어촌공사가 지나치게 소홀히 점검했다는 지적이 나오는 이유이다.
일각에서는 한국농어촌공사가 간월호 수질개선 사업으로 인해 부차적으로 기대되는 모래 판매 원석대금 약 300여억 원의 수입에 더 많은 관심을 가졌던 것 아니냐는 의혹도 제기되고 있다.
그러나 한국농어촌공사 관계자는 “그동안 간월호 수질개선사업과 관련 여러 곳으로부터 어려움을 겪었다”며 “이 사업의 본래 목적이 달성 될 수 있도록 다각도로 노력 중이다. 방류 기준 변경 요청도 그런 일환이다”고 말했다.
한편 삽교호 유역 수질개선의 경우 지난 2015년 충남도는 환경부의 ‘통합 집중형 수질개선 공모사업’에 응모 국비 1180억원을 포함, 무려 1782억 원의 사업비 확보 사업을 추진하고 있다. 충남도는 ‘통합 집중형 수질개선 사업’으로 삽교호를 4급수 이상으로 끌어 올린다는 계획이다.